Las Fuerzas Armadas cumplieron un papel fundamental en el triunfo y la consolidación del Régimen liberal en el Ecuador (1895-1912). Muchos de los rasgos que tienen hasta hoy vienen de las reformas alfaristas.
Ya en 1895 se estableció un escalafón militar nuevo, que integraba gran cantidad de oficiales recién incorporados en medio de la Guerra Civil. Este escalafón creció aceleradamente desde entonces. Durante la primera administración de Alfaro, para elevar el nivel técnico de los oficiales se creó un curso de Academia de Guerra, y se fundaron también el Colegio Militar y la Escuela de Clases, destinados a la formación de oficiales y tropa. El que funcionara en la capital determinó que la mayoría de los aspirantes fueran serranos, lo cual habría de tener importantes implicaciones en el futuro. El efecto de todas estas medidas educativas, empero, estuvo limitado por la resistencia de las viejas prácticas, que los veteranos se negaron a abandonar.
Por otra parte, contra los esfuerzos de institucionalización conspiraban aquellas prácticas heredadas del pasado, mediante las cuales los grados militares se concedían ya por el Presidente de la República o el Congreso, como recompensa a civiles que habían prestado “importantes servicios a la causa”. En muchos casos, la posesión de un grado militar era el complemento de una carrera política de los notables del liberalismo, muchos de los cuales “ni siquiera habían olido pólvora”.
A pesar de estas dificultades, la tendencia general fue de consolidación institucional del Ejército. Luego de las reformas de Alfaro y de las de Plaza, bajo la fugaz administración de don Lizardo García se emitió una nueva Ley Orgánica Militar, que incorporó numerosas innovaciones. Luego de que habían fracasado los intentos por llegar a otro sistema, fue por fin abolida la “recluta”, o enrolamiento por la fuerza, y establecida una conscripción militar. De ese modo se logró regular el servicio obligatorio y reformar las antiguas “guardias nacionales”. Esto no desterró del todo el que se obligara a los civiles a enlistarse contra su voluntad en momentos de emergencia, pero hizo que este recurso fuera cada vez menos usado.
La necesidad de mantener control sobre todo el territorio, especialmente en la Sierra, hizo que las fuerzas militares fueran distribuidas prácticamente en todas las provincias. A principios de siglo funcionaba ya una guarnición estable en cada una de ellas. Con la Revolución Liberal se dio por primera vez la presencia estable de la fuerza armada en el territorio nacional.
Con la Revolución Liberal se dio la institucionalización de las Fuerzas Armadas, en especial del Ejército, que pudo cumplir de mejor manera su función profesional, sin dejar por ello de intervenir en la política y a veces arbitrar la lucha por el poder.