El coro es una de las joyas arquitectónicas y artísticas que atesora el convento de San Francisco. Los asientos son elegantes y de madera, con figuras talladas sobre cada espaldar.
Cuando los frailes van a rezar ninguno se sienta en la silla del centro, porque está reservada para san Francisco. Sobre el espaldar del asiento está tallada la imagen de La Inmaculada, otro ícono de la orden religiosa.
Allí también permanece un órgano de 1930, toda una reliquia. Allí, Pablo Darquea da rienda suelta a su creatividad y pone el ambiente musical en las eucaristías.
Desde el coro han escuchado misa ex presidentes de la República, entre ellos Velasco Ibarra.
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