Me permito expresar mi respetuoso pero total desacuerdo con la tesis sustentada por mi distinguido exalumno y actual colega y amigo Dr. Amílcar Tapia, compartida por otro apreciado exalumno, amigo y colega, Dr. Rex Tipton Sosa, de que la Universidad Central del Ecuador es continuación de la de San Gregorio, fundada en 1620 y regentada por la Compañía de Jesús, con la aprobación real. La Universidad de San Gregorio se cerró en 1767 con la expulsión de los jesuitas de los dominios españoles y nunca más se volvió a abrir, a menos que se tenga como su continuación a la Facultad de Filosofía de San Gregorio que funcionó en el siglo XX.
En 1651, los religiosos de la Compañía de Jesús de Quito recibieron noticias sobre la inminente llegada a la ciudad del Padre Raimundo de Santacruz, quien años antes había partido hacia el Amazonas con el propósito de unirse a la joven misión jesuita de Maynas. Acompañado de cuarenta indígenas de Maynas, vestidos con camisetas y adornados con exóticas guirnaldas de plumas de vivos colores -una curiosa amalgama de barbarie y nueva cristiandad a los ojos de los espectadores de la época- Santacruz llegó a la parroquia de Santa Bárbara, en donde fue recibido por las congregaciones que poco antes habían partido, con las imágenes de sus santos patronos a cuestas, desde la iglesia jesuita.
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