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A partir del viernes 31 de julio del 2026, Jefferson Pérez asumió como presidente del Comité Olímpico Ecuatoriano (COE). El histórico marchista tomó el máximo cargo de la institución tras la renuncia de Jorge Delgado Panchana.
En mayo del 2025, la candidatura encabezada por Delgado Panchana, quien ya había presidido el COE en el periodo anterior, fue la ganadora para continuar al frente de la entidad. Junto a él, Jefferson Pérez fue elegido como vicepresidente del organismo.
Por medio de un comunicado en sus redes sociales, el Comité dio a conocer los cambios en su directorio. Asimismo, señaló que John Zambrano Haboud renunció al cargo de secretario general .
En el comunicado también se agradeció a los dirigentes previos y señaló que la nueva administración inicia su trabajo con la meta de garantizar que los atletas ecuatorianos lleguen a los Juegos Suramericanos Santa Fe 2026. Para ello también solicitó el respaldo de las autoridades gubernamentales.
Dentro de su pronunciamiento, el COE explicó que la decisión se dio a raíz de un trabajo coordinado junto al Comité Olímpico Internacional, así como junto al Ministerio de Educación, Deporte y Cultura. A su vez, explicó que la decisión tomada por Delgado Panchana y Zambrano Haboud se dio para asegurar la estabilidad y participación en el ciclo previo a los siguientes Juegos Olímpicos.
Antes de que se produzca la salida de Jorge Delgado Panchana del COE, la directiva de la entidad había tenido conflictos con el Viceministerio de Deporte. El ente gubernamental había señalado que no se podía reconocer al directorio con Delgado como presidente.
Jorge Ibáñez, viceministro, había señalado que no era factible dar la habilitación debido a una prohibición de reelección continua en los organismos. Aquello, a pesar de que el Comité Olímpico Internacional sí había aceptado a los dirigentes.
Tras los cambios Jefferson Pérez, también presidente de la Federación Ecuatoriana de Atletismo, podrá ejercer el cargo sin inconvenientes. Como deportista, este fue una de las figuras del país al conseguir dos medallas olímpicas en Atlanta 1996 y Beijing 2008.