En 1999 el Gobierno dispuso que las FF.AA. dieran su criterio sobre si convenía o no al Ecuador que desde la Base Aérea de Manta operara un puesto avanzado de la Fuerza Aérea de EE.UU., destinado a monitorear al narcotráfico en un sector del continente, que incluía al Ecuador. Después de minucioso análisis, que consideró inclusive las posibles reacciones de carácter político, las FF.AA. recomendaron que se acepte el pedido de los EE.UU,: -se prohibía que los aviones de ese país vuelen sobre determinadas áreas del Ecuador; -el programa de vuelos debía ser informado al Ecuador con un mes de anticipación; -un oficial de la FAE intervendría en la planificación de los vuelos, para cuyo efecto se radicaría en la Florida, sede del Comando Sur del Ejército de EE.UU.; -los pilotos ecuatorianos podrían participar en los vuelos; -todas las actividades en el interior de la Base de Manta se mantendrían bajo el control del comandante de la misma, un coronel de la FAE.
Para su recomendación, las FF.AA. obraron exclusivamente en base de los intereses nacionales y teniendo en cuenta las siguientes realidades: 1) Los radares militares, dada la topografía y la velocidad de los aviones de combate, estaban ajustados para controlar el espacio aéreo sobre los 200 m. de altura; 2) Había crecido el número de naves desconocidas que volaban a menos de 100 metros de altura, fuera del control de los radares; 3) El monitoreo del narcotráfico que proponía los EE.UU. era día y noche, con una combinación de medios de la más alta tecnología, sin que al Ecuador le cueste un centavo; 4) Permitiría el control del mar y de la frontera terrestre, tan amenazados por la guerrilla, el narcotráfico y el crimen organizado; 5) Los EE.UU. se comprometían a reparar y ampliar las instalaciones de la base de Manta, incluida la pista, invirtiendo USD 60 millones, que el Ecuador carecía, y en circunstancias en que se atribuía el desastre aéreo ocurrido en esa ciudad a la corta extensión de la pista; 6) Se consideró que, encontrándose Ecuador entre Colombia y Perú, los mayores productores de coca, facilitaba la exportación de la droga; 7) Que si los carteles del narcotráfico se radicaban en Ecuador, corromperían autoridades civiles y militares, transportistas, banqueros y particularmente a los más pobres, y que se incrementarían la criminalidad atroz y los sicarios; 9) La drogadicción se propagaría entre los niños, adolescentes y jóvenes, aniquilando el presente y futuro del Ecuador.
Lamentablemente, desde que terminó el control del narcotráfico desde la base aérea de Manta, el tráfico de droga se ha incrementado (según los estándares internacionales, sólo se captura el 10 % de la droga que se trafica). Para este hecho, seguramente debe haber contribuido la actividad de los agentes financieros de la guerrilla en Ecuador, la apertura indiscriminada de las fronteras.