A raíz de la consulta popular, tres miembros del Consejo de Participación Ciudadana y Control Social acudieron a la Comisión Interamericana de Derechos Humanos y le plantearon una acción de protección, porque al aprobarse soberanamente por el pueblo los temas de la agenda los peticionarios se verían afectados en su situación personal, ya que se procedería a la renovación de dicho consejo. La Comisión, al parecer sin disponer de información suficiente y en todo caso en actitud un tanto apresurada, acogió la petición y la elevó a conocimiento de la Corte Interamericana de Derechos Humanos. La gestión objetivamente no tenía sustento porque no se trataba de un caso de violación de derechos humanos sino de una resolución basada en la voluntad popular expresada en las urnas.
Como el citado episodio concitó la atención de la opinión pública creo que puede ser provechosa esta coyuntura y parar mientes en los rasgos institucionales del sistema interamericano de derechos humanos, sin duda uno de los logros de la OEA en su estructura institucional. Nos referimos concretamente al Pacto de San José de Costa Rica, adoptado en noviembre de 1979, en virtud de la resolución de la tercera conferencia internacional extraordinaria (Buenos Aires, 1967), que aprobó la incorporación a la propia carta de la organización de normas más amplias sobre derechos económicos, sociales y educacionales, a la par que resolvió que una convención interamericana sobre derechos humanos determinara la estructura, competencia y procedimiento de los órganos encargados de esa materia. El Pacto de San José contempla una normativa específica sobre derechos civiles y políticos, así como sobre derechos económicos, sociales y culturales.
Los órganos para conocer el cumplimiento de los compromisos contraídos por los Estados Partes son la Comisión Interamericana de Derechos Humanos y la Corte Interamericana de Derechos Humanos. La Comisión, según la Carta de la OEA, es uno de los órganos por medio de los cuales la Organización realiza sus fines. Se compone de 7 miembros, electos a título personal por su alta autoridad moral y versación en derechos humanos: su período dura cuatro años y sólo podrán ser reelegidos una vez. La Comisión tiene la función principal de promover la observancia y la defensa de los derechos humanos. Cualquier persona o grupo de personas, o entidad no gubernamental legalmente reconocida, puede presentar a la Comisión peticiones que contengan denuncias o quejas de violación de la Convención por un Estado Parte.
La Corte se compone de 7 jueces, nacionales de los Estados Miembros de la OEA, su mandato dura seis años y podrán ser reelegidos una vez. El fallo de la Corte será motivado, definitivo e inapelable. Su sede está en Costa Rica, la de la Comisión está en Washington.