Si bien este Diario, a lo largo de sus 117 años de existencia, ha recibido múltiples expresiones de aplauso y reconocimiento por su patriótica y transparente actividad periodística, también ha afrontado y superado una serie de avatares, pero ha mantenido indelebles los principios de independencia editorial, defensa incondicional de la democracia y de la libertad de expresión y apoyo al desarrollo del país.
Era una época de convulsión política en la que aparecían y tenían vida efímera varios periódicos, instrumentos de propaganda de los partidos, cuando los hermanos César y Carlos Mantilla Jácome decidieron fundar El Comercio e iniciaron su presencia en las calles de Quito el lunes 1 de enero de 1906, fecha que coincidió con un golpe militar encabezado por Eloy Alfaro contra el presidente Lizardo García, por lo que se vieron obligados a suspender su segunda edición hasta el 30 de ese mes.
Un dato curioso es que Celiano Monge, primer Director del flamante rotativo, también tuvo desempeño fugaz, ya que el nuevo gobernante lo nombró secretario particular.
En 1935, cuando los hermanos Mantilla Jácome dividieron sus actividades, don Carlos asumió la Dirección de El Comercio con el apoyo de sus hijos Carlos y Jorge Mantilla Ortega y tres años después fundaron el vespertino Ultimas Noticias y en 1940, Radio Quito.
En abril de 1949 una turba atacó e incendio el edificio de la Empresa, ubicado en las calles Chile y Benalcázar, a causa de la autenticidad en la dramatización de la novela “La Guerra de los Mundos” que trasmitió Radio Quito.
Este Diario también sufrió clausuras y persecuciones. Una de ellas en 1953 dispuesta por el entonces presidente Velasco Ibarra, quien poco tiempo antes fue su articulista con el pseudónimo de Labriolle.
En 2015 la familia Mantilla vendió las acciones del Grupo El Comercio al mexicano Angel González y actualmente este baluarte del periodismo lamentablemente atraviesa una grave crisis por problemas administrativos y económicos.