El CIES es el órgano rector del Sistema de Inteligencia Nacional que articula varios subsistemas de Inteligencia, tales como: el subsistema de Inteligencia Militar, subsistema de Inteligencia Policial, Unidad de Análisis Financiero y Económico UAFE, Servicio de Rentas Internas SRI, Servicio Nacional de Aduanas del Ecuador Senae , Presidencia de la República. La información que producen estos órganos, el CIES lo procesa y produce Inteligencia Estratégica (IE), insumo fundamental para la toma de decisiones de los gobiernos.
La IE es de importancia no sólo para la seguridad del Estado sino también para su desarrollo; no es posible alcanzar el desarrollo, sin disponer de condiciones de seguridad adecuadas para promover la inversión, reactivar el aparato productivo y dinamizar la economía.
El CIES lamentablemente no ha cumplido su misión de ejercer la rectoría del Sistema de Inteligencia y peor producir IE, su tarea ha estado principalmente orientada a la inteligencia política para enfrentar a la oposición y coadyuvar a sostener a los gobiernos de turno.
Cuando la prioridad no es la seguridad del Estado sino satisfacer los requerimientos del gobierno de turno para controlar la oposición política, no se puede cumplir la misión de producir Inteligencia Estratégica, incluso es imposible generar políticas públicas ó reformas a normas legales para alcanzar los objetivos nacionales. De ahí la explicación de la falta de interés e impulso para la aprobación de la Ley de Inteligencia que duerme el sueño de los justos; por tanto, el problema no es el instrumento sino el inadecuado uso que se le ha dado.
Siendo el CIES una herramienta tan importante para la seguridad del Estado, ¿por qué entonces no ha cumplido su misión?. Simplemente porque desde el Ejecutivo se la ha utilizado con fines políticos y no en beneficio de la seguridad nacional.