El IAEN se constituyó en universidad pública de posgrado del Estado ecuatoriano en 2010. Si bien, en esta última década ha registrado ciertos avances en la oferta de una veintena de programas de posgrado y ciertos esfuerzos en investigación y vinculación en la sociedad, sus resultados son bastante desalentadores, en gran parte por una causa política: su inestabilidad institucional que le ha llevado a tener 10 rectores desde el 11 de abril de 2008 hasta la fecha. Esta universidad es uno de los pocos casos donde los profesores contratados son mayoría frente a los profesores titulares, además la tónica ha sido una disminución constante de sus presupuestos. El origen de esta situación surge en la disposición legal de que su rector es designado por la Presidencia de la República, de tal forma que se recrean condiciones de permanente inestabilidad institucional. La alternativa es un cambio en la forma de designación de autoridades de IAEN a través de las reformas de la LOES, actualmente en debate en la Asamblea Nacional.