En 1999 los personajes de Toy Story 2 tienen que enfrentar nuevas aventuras. En esta entrega Woody es separado de la casa de Andy y el dueño de la juguetería ‘Al’s toy Barn’ lo roba para venderlo junto a los cuatro muñecos de colección. Al tratar de escapar Woody se encuentra con Jessie, Bullseye y Stinky Pete. Quienes han esperado durante años dentro de una caja para ser vendidos a un comprador en Japón.Buzz Ligthyear y sus amigos van en su rescate y en medio debe enfrentar a Zurg su archienemigo interestelar. Al final todos regresan a la casa de Andy.