La depresión deterioró la salud de Federico Gortaire y falleció un año y medio después del deceso de su hijo, el teniente coronel Marco Gortaire. El oficial murió la noche del 24 de enero del 2007, junto con cuatro militares; la entonces ministra de Defensa, Guadalupe Larriva; y su hija Claudia.
Dos días antes de su muerte, el militar llamó tres veces a su madre y pidió la bendición. Luego, el nombre del capitán Hugo Acosta apareció en los canales de televisión que anunciaban su deceso, la de cuatro militares más, de la ministra de Defensa, Guadalupe Larriva, y de su hija Claudia.
A las 12:30 finalizó la audiencia de preparación de juicio sobre la muerte de la ex ministra de Defensa, Guadalupe Larriva, y cinco militares más. El hecho ocurrió en los inicios de este Gobierno cuando la funcionaria y su hija volaban un helicóptero militar. Y hoy la Segunda Sala Penal de la Corte Nacional de Justicia sobreseyó provisionalmente a 12 militares que fueron inculpados en este caso. El presidente de la Sala, Luis Quiroz, dijo que no se puede llamar a juicio, sino no existe un pedido oficial de la Fiscalía. Minutos antes, el fiscal subrogante César Morales Naranjo se abstuvo de acusar a los inculpados. Según Morales, el accidente aéreo ocurrió por fallas humanas y no por responsabilidad de otras personas. Eso causó molestia entre los familiares de las víctimas. "Ahora resulta que los culpables son los pilotos muertos", dijo uno de ellos. La defensa de la familia Larriva adelantó que al ser un sobreseimiento provisional presentarán más pruebas para que el caso se reabra.