No es un estado óptimo, pero la calidad del agua de los cuatro ríos que atraviesan por Cuenca está en buenas condiciones. Ese es el reporte que tiene el Programa de Vigilancia de la Calidad de Agua de los afluentes cuencanos. La Unidad de Gestión Ambiental, de la Empresa Municipal Etapa, tiene un sistema de monitoreo del agua del Tomebamba, Yanuncay, Machángara y Tarqui. En 1984 se inició con 16 estaciones y en la actualidad son 80. La materia orgánica por las descargas de aguas servidas directamente a los afluentes era el principal contaminante. Se determinó por la alta demanda bioquímica de oxígeno (DBO) de los afluentes y por la sobrepoblación de bacterias y microorganismos. Otros contaminantes eran los camales clandestinos, industrias, ganadería y lavadoras de vehículos. Por ejemplo, en el Tomebamba las sustancias orgánicas e inorgánicas susceptibles de ser oxidadas superaban los 18 miligramos de oxígeno por litro (mgO2/l). Según Pablo Martínez, subgerente de Gestión Ambiental, hoy