La dictadura militar que gobernó de 1963 a 1966 impuso una reforma universitaria influenciada por modelos norteamericanos e intervino varias instituciones. Tomó por asalto la Universidad Central con fuerzas militares, en un acto de salvajismo que precipitó su caída. De inmediato se emitió una Ley de Educación Superior que reafirmó la autonomía y el cogobierno universitarios. Hubo un auge de la reflexión sobre la relación universidad – realidad nacional. Manuel Agustín Aguirre, rector de la Universidad Central, formuló la “Segunda Reforma Universitaria”, que planteaba una universidad científica, democrática, nacional, comprometida con el pueblo. Por su parte, Hernán Malo, rector de la Universidad Católica, propuso la “ecuatorianización de la universidad”.
Pero la reforma no pudo culminar y hasta fines del siglo se dio un proceso de agitación e “hiperpolitización” de las universidades, un crecimiento descontrolado y, con frecuencia, un franco deterioro de los niveles académicos. El aumento significativo de establecimientos de bachillerato había generado creciente presión para el ingreso a la educación superior. Los bachilleres se movilizaron a las puertas de las universidades. En Guayaquil hubo acciones violentas y represión. El 29 de mayo de 1969, el gobierno dispuso un desalojo de la Universidad de Guayaquil, con saldo de varios muertos y numerosos heridos.
El impacto del crimen fue enorme y las universidades públicas aceptaron el “libre ingreso” de bachilleres. Las politécnicas estatales y las universidades privadas lo mantuvieron. En el examen de ingreso el aspirante se jugaba el futuro en una sola oportunidad. Y los alumnos venidos de colegios de menor nivel tenían menos opciones. Por ello, al suprimirse el examen de ingreso, Manuel Agustín Aguirre planteó un sistema de nivelación para quienes no estaban en condiciones de aprobarlos. Pero esa alternativa no se aplicó y se impuso la práctica de que se ingresaba a la universidad solo con el título de bachiller.
Los exámenes de ingreso eran injustos e inadecuados, y la demanda de los bachilleres tenía fundamento. Pero también es cierto que la medida provocó un inusitado crecimiento de las universidades, que en pocos años cuadruplicaron su número de estudiantes, tuvieron que contratar docentes, improvisados en no pocos casos, y tuvieron que funcionar en infraestructuras planificadas para mucho menos profesores, estudiantes y funcionarios.
En 1969, la agitación universitaria continuó. Varios dirigentes como Rafael Brito y Milton Reyes fueron asesinados. Al fin, el 22 de junio de 1970, Velasco asumió la dictadura con respaldo militar. Volvió a clausurar las universidades e intentó imponer una ley represiva. Pero no logró borrar de la memoria social la matanza de estudiantes de hace medio siglo.