Desde la primera mitad del siglo XX, en el Ecuador se hicieron muchos esfuerzos para destacar a Atahualpa como un símbolo de unidad. Luego de la invasión peruana de 1941 y del Protocolo de Río de Janeiro en 1942, el sentimiento de derrota y fracaso nacional llevó a la intelectualidad del país a reforzar la idea de la unidad de la nación ecuatoriana.
Pío Jaramillo Alvarado, quizá el mayor exponente de la lucha por la ecuatorianidad, se empeñó por buscar lazos intelectuales de cohesión en nuestra historia. En 1947, después de cinco años de la suscripción del Protocolo, publicó el libro ‘La Nación Quiteña, perfil biográfico de una cultura’, “cuando la necesidad de la propaganda era urgente para crear un ambiente propicio en la opinión con respecto a la nulidad y revisión de ese documento inicuo; cuando estaba aún sangrante la herida por la desmembración territorial y resonaba en nuestros oídos la injuria irrogada en los días de la agresión peruana en Zarumilla”.
Al ratificar la existencia del Reino de Quito y realizar una “defensa de la nacionalidad de Atahualpa, disputada por escritores peruanos”, Jaramillo Alvarado enfatizó en el papel del Inca como defensor de Quito, primero ante Huáscar, su hermano peruano, y luego frente a los conquistadores españoles. Acudiendo a numerosas citas de los cronistas sostiene vigorosamente que Atahualpa el “Inca quiteño”, nació en estas tierras y fue rey de Quito y soberano del Tahuantinsuyo, por herencia de su madre Scyri, por ser hijo de Huayna Cápac y por haber vencido a Huáscar en la guerra interna que dividió al incario. La figura y los triunfos de Atahualpa lo consagraron como un referente fundamental de la nación quiteña milenaria que, luego de convertida en República, era el Ecuador de mediados del siglo XX, empeñado en recobrar sus territorios amazónicos y rehacer su proyecto nacional.
La obra de Jaramillo Alvarado y su reivindicación de la personalidad histórica de Quito como nación y de la figura de Atahualpa como su principal referente, tuvo numerosos seguidores, que continuaron su línea apologética o trataron de establecer su filiación y nacimiento con resultados bastante desiguales. Se escribieron, inclusive, genealogías del emperador. En realidad, sobre el tema se han publicado desde trabajos muy sólidos de investigación hasta ensayos de pura retórica, que ni han añadido nada nuevo a la cuestión, ni han permitido un mejor entendimiento de nuestro pasado. Atahualpa, por desgracia, se constituyó en ciertos casos, en una fuente para lugares comunes y hasta en personaje de historieta.
La figura de Atahualpa se vinculó muy fuertemente a la idea de patria. Fue un símbolo central en la reconstitución nacional de mediados del siglo XX y un referente del enfrentamiento con el Perú en la secular disputa territorial amazónica.