Chiriboga ha entrado en conflictos con tintes personales con directivos de clubes, en una exhibición de poder.
En el 2009, por ejemplo, Eduardo Granizo (que era presidente del Olmedo), demandó al titular de la FEF por USD 5 millones. Pero, el exdirigente -vetado de liderar al cuadro riobambeño- terminó demandado por daños y perjuicios, además de prisión de seis meses.
Se mantiene la pugna entre los Paz (Esteban y Rodrigo) y Chiriboga, a tal punto que se evidencia una disputa personal en conflicto de intereses. Primero Liga se negó a participar en la creación del Canal del Fútbol, impulsado por la FEF. Hoy, la directiva alba exige presentación de cuentas tras el Mundial.