El Deportivo Cuenca fue fundado el 4 de marzo de 1971. Fue el primer equipo fuera de Quito y Guayaquil en jugar la Copa Libertadores y además, es el único equipo ecuatoriano en vencer a Boca Juniors en este torneo.
En su indumentaria predomina el rojo mientras que la pantaloneta es negra con detalles amarillos y medias negras alternadas con rojo.
El ‘Expreso Austral’ tiene dentro de su palmarés deportivo el haber sido campeón del torneo local en 2004 y su clásico rival es Liga Deportiva Universitaria de Loja. Fue subcampeón en los años de 1975, 1976, 2005, 2007 y 2009. En el campeonato 2013 el conjunto morlaco se ubicó en el noveno puesto al sumar 49 unidades.
El rojo ha predominado en los diseños de la camiseta del conjunto cuencano y resaltan líneas amarillas en el contorno del cuello y las mangas. El uniforme alterno ha sido el que más variantes ha presentado, siendo azul, negro y celeste en varias ocasiones.
La camiseta del Deportivo Cuenca en el 2010 fue roja, y tuvo vivos amarillos en el cuello y las mangas.
Cerveza Pílsener fue el principal auspiciante ese año y en la parte superior del mismo, en el centro, estuvo colocado el escudo del club. Mientras que en la parte superior derecha estuvo la marca Lotto, encargada de confeccionar los uniformes.
En la indumentaria de 2011 predominó de nuevo el rojo con las franjas amarillas en el cuello y las mangas, solo que para esta temporada esas franjas fueron más anchas.
En la parte central del pecho se ubicó el auspiciante principal, Cerveza Pílsener, y encima de este el escudo del equipo y la marca Marathon Sports encargada del diseño del uniforme para este año. El logotipo de Ecuavisa estuvo colocado sobre el hombro derecho.
En el 2012 se mantuvo Marathon Sports como la marca encargada de confeccionar el uniforme rojo que fue similar al año anterior.
El diseño del uniforme alterno fue azul con franjas amarillas en el cuello y las mangas. La pantaloneta fue blanca con franjas rojas a los lados.
En el 2013, Marathon Sports confeccionó el uniforme que fue rojo. El cuello, cambió de color respecto al año anterior y fue negro. En las mangas y en la parte inferior de la camiseta se colocaron franjas mostaza. El escudo de la institución apareció en la parte superior izquierda de la camiseta.
Los auspiciantes de ese año fueron DirecTV en las mangas de la camiseta y Cerveza Pílsener como auspiciante principal.
Para el 2014, se mantiene Marathon Sports como la empresa encargada de confeccionar la indumentaria y en donde predomina el rojo.
El escudo del equipo está ubicado en la parte superior izquierda mientras que a la derecha, está Marathon Sports en amarillo y Cerveza Pílsener debajo de la empresa textil. DirecTV está en las mangas y CELEC EP (Corporación Eléctrica del Ecuador) y AET Asia Limited. El cuello es combinado entre negro y amarillo.
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