El Manta Fútbol Club fue fundado el 27 de julio de 1998, dos años después de comprar la franquicia al Manta Sporting Club equipo que representó al puerto manabita en la década de los años 70. En la actualidad es el único equipo que rerpresenta a Manabí en la Serie A del balompié nacional.
En su indumentaria predomina el celeste con dos líneas laterales blancas mientras que la pantaloneta es oscura con detalles celestes y medias azules oscuras.
El equipo ‘atunero’ es el único equipo manabita en la Serie A del balompié ecuatoriano y su clásico rival es el Delfín. En el campeonato 2013 Manta se ubicó en el octavo puesto al sumar 48 unidades. Fue un constante animador de la Serie B hasta que en 2008 regist´ró su mejor participación y ascender así a la primera división.
El celeste ha predominado en los diseños de la camiseta del conjunto manabita en donde resaltan franjas blancas horizontales y verticales. Solo a partir de 2011 las franjas dieron paso a un espacio sobre el hombro derecho.
El uniforme alterno ha sido el que más variantes ha presentado, pero es el blanco es el que ha predominado combinándose con el rojo y el negro.
La camiseta del Manta en el 2010 fue celeste, y tenía dos franjas blancas sobre los hombros y una en el costado derecho. Atún Isabel fue el principal auspiciante y en la parte superior izquierda, estuvo colocado el escudo del club. Mientras que en la parte superior derecha estuvo la marca Diadora, encargada de confeccionar los uniformes.
En la indumentaria de 2011 predominó de nuevo el celeste y un espacio blanco en el hombro derecho. En la parte central del pecho se ubicó el auspiciante principal, Atún Isabel, y encima de este el escudo del equipo y la marca Astro encargada del diseño del uniforme para este año.
En el 2012 el uniforme celeste fue confeccionado por Astro y tuvo líneas negras y blancas a los costados. La ubicación del auspiciante principal así como el escudo del equipo y la marca textil fue la misma que la del año anterior. El diseño del uniforme alterno fue en blanco pero con dos franjas laterales rojas en la derecha de la camiseta.
En el 2013, Astro confeccionó el uniforme que fue celeste pero en la parte superior a la altura del pecho estuvo el azul obscuro. El escudo de la institución apareció en el centro del pecho. Los auspiciantes de ese año fueron DirecTV y Tadel y a la izquierda y derecha, respectivamente.
Para el 2014, se mantiene Astro es la encargada de confeccionar la indumentaria y en donde se mantiene el celeste. En el centro aparece el escudo del equipo y los auspiciantes DirecTV y Tadel ubicados a la izquierda y derecha, respectivamente. Mientras que Atún Isabel, auspiciante principal, está en el centro de la camiseta. El cuello es negro y en la parte inferior de la camiseta se exhibe un diseño con una cuadrícula.
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