La producción científica va de la mano con la calidad de las universidades. En estas se desarrolla la mayoría de investigaciones y se entrena a científicos. Desafortunadamente, según las encuestas SIR 2013 y QS University Rankings, el Ecuador en producción científica ocupa el octavo puesto entre nueve países sudamericanos. Mientras que a nivel latinoamericano, las universidades ecuatorianas mejor ubicadas están en los puestos 67 y 137. Estas cifras son muy preocupantes, y tienen poca o ninguna relación con el tamaño poblacional del país. Chile con una población similar a la de Ecuador se ubica en el primer lugar en publicaciones científicas per cápita, y tiene dos universidades en los 10 primeros puestos.
Cambios coherentes en las políticas de educación superior con respecto a la investigación son necesarios para mejorar las universidades y su producción científica. Por ejemplo, cada año la Senescyt debería financiar nuevos proyectos, y dar continuidad a las mejores investigaciones.