Se han realizado alusiones contra entidades castrenses, pues el Presidente y varios actores políticos han sugerido que durante el gobierno anterior se permitió expresa o implícitamente el tráfico de drogas y armas por la frontera norte, lo que involucraría a quienes están a cargo de la seguridad, que son las FF.AA. y la Policía Nacional, por lo tanto habría que determinar responsabilidades. Una asambleísta por el Guayas y otros parlamentarios, han sostenido que los vuelos de los aviones presidenciales, pudieron haber portado cargas ilícitas o fondos hacia los paraísos fiscales, así como la Contraloría cuestiona la finalidad de los vuelos, lo cual podrían informar capitanes y la tripulación de tales naves, pues tienen la responsabilidad de las cargas. En el caso Gabela, donde existen graves dudas, deben esclarecerse, ya que las adquisiciones como los helicópteros, están a cargo de comités propios de las entidades, además existen evidencias de disputas entre jerarquías y el extinto General, sin embargo, ninguna persona sensata podría pensar que altos oficiales manden a matar a un ex compañero.