Las FF.AA. hondureñas irrumpieron el 28 de junio del 2009 en la casa del presidente de ese país, Manuel Zelaya, y lo embarcaron en un avión para llevárselo a Costa Rica, desde donde el mandatario condenó el golpe de Estado.
En la tarde, el Congreso de ese país aceptó una supuesta carta de renuncia de Zelaya y posesionó a Roberto Micheletti, presidente de ese organismo, como nuevo mandatario de Honduras. La Corte Suprema de Justicia dijo que los militares cumplieron una orden judicial. El acto produjo el inmediato repudio de todos los países de la región. La ONU, el Grupo de Río y la Alba se convocaron para analizar el caso el 29 de junio. La OEA condenó por “aclamación” el golpe de Estado y convocó a sus cancilleres. Mientras, cientos de partidarios de Zelaya expresaban su rechazo en las calles.
Zelaya, que había protagonizado una crisis política sin precedentes en los últimos días, tenía previsto realizar el domingo, luego del golpe, una encuesta popular destinada a convocar un referéndum para reformar la Constitución, pese a que había sido declarada ilegal por la justicia ordinaria y electoral. La oposición sostenía que la convocatoria tenía como fin la reelección de Zelaya y la adopción de un modelo político similar al de Venezuela y Ecuador. Pocas horas luego del operativo militar, cientos de hondureños partidarios de Zelaya se reunieron frente a la Casa Presidencial.
Mientras, el presidente de facto, Roberto Micheletti, pronunció un discurso y dijo que ni el presidente de EE.UU., Barack Obama, ni el presidente de Venezuela, Hugo Chávez, pueden “amenazar” con la restitución de Zelaya. Además aseguró que “el ex presidente tenía varios juicios en contra que debían ser tomados en cuenta si desea volver a pisar tierra hondureña”.
Los enfrentamientos no pararon sino hasta el 2 de diciembre que se convocaron a nuevas elecciones. Zelaya después de varias intervenciones renunció a la presidencia, afirmando que los comicios no serían suficientes para solucionar la crisis política de su país.