El candidato opositor, Porfirio Lobo, fue elegido presidente de Honduras, en los comicios del 29 de noviembre, mientras el depuesto presidente Manuel Zelaya, que llevaba 68 días cercado por el Ejército en la Embajada brasileña de Tegucigalpa, pedía la nulidad de los comicios. Su argumento era que el abstencionismo habría alcanzado el 65%.
Según los sondeos realizados por los medios de comunicación de Honduras, Lobo ganó la Presidencia al oficialista Elvin Santos.
Los medios aseguraban que Lobo alcanzó el 55% de la votación, mientras que su principal adversario, el 39%.
Los hondureños fueron convocados a las urnas para elegir, además, a los nuevos diputados al Congreso y a los gobiernos locales, en un ambiente de crispación y división política por la crisis suscitada tras el golpe que depuso a Zelaya, el pasado 28 de junio.
La jornada no estuvo libre de disturbios. Al menos dos personas resultaron heridas luego de que agentes hondureños reprimieron una manifestación de seguidores del derrocado Mandatario, en la ciudad de San Pedro Sula.
Las elecciones presidenciales de Honduras, según anuncios previos, no iban a ser reconocidas por Argentina, Brasil, Ecuador, Paraguay, Nicaragua y Venezuela. Los gobiernos de esos países las consideraban ilegítimas, porque fueron convocadas durante un gobierno de facto, presidido por Roberto Micheletti. Él presidía el Congreso Nacional de Honduras y fue designado, de manera interina como Jefe de Estado de Honduras por el Parlamento, luego del golpe de Estado, hasta la toma de posesión de Porfirio Lobo el 27 de enero del 2010.
El Presidente electo tenía el desafío de pacificar el país y de obtener legitimidad frente a una comunidad internacional reacia a reconocer los comicios del 29 de noviembre. De hecho, antes de los comicios, Lobo aseguró que las elecciones son la única salida a la crisis desatada por el derrocamiento de Manuel Zelaya.