Paúl Salazar (c) debutó como presidente del CNE; a su izquierda está Carlos Tayupanta, el nuevo vicepresidente. Foto: Alfredo Lagla / El Comercio.
La Constitución de Montecristi, vigente desde 2008, cambió la estructura de la Función Electoral, eliminó al Tribunal Supremo Electoral (TSE) y lo reemplazó con el Consejo Nacional Electoral (CNE) y el Tribunal Contencioso Electoral (TCE). Sin embargo, las polémicas no han dejado de rodear a las nuevas instituciones, como sucedía con el TSE, aunque sí se han multiplicado. A continuación algunos de los episodios más recordados:
Tribunal Supremo Electoral
Durante las elecciones presidenciales de 1984, en la primera vuelta, el candidato León Febres Cordero acusó de fraude electoral a la Izquierda Democrática, liderada por el candidato Rodrigo Borja. Entonces se cuestionó la legitimidad del TSE, porque, según Febres Cordero, se habría impedido a varios votantes de la costa ejercer su derecho al voto.
En el proceso electoral de 1996 también se habló de un posible fraude. Dos de tres encuestadoras dieron por ganador a Jaime Nebot, del PSC, quien venció a Abdalá Bucaram, del PRE, en la primera vuelta, pero perdió en la segunda con más del 12% de diferencia. Bucaram perdió únicamente en Guayaquil y Quito.
En las elecciones generales de 1998 el candidato Álvaro Noboa, del Prian, denunció haber sido objeto de un fraude electoral en favor de Jamil Mahuad, de la Democracia Popular. Las sospechas se acentuaron cuando el TSE negó la apertura de una muestra de urnas en Pichincha para verificar los datos.
Consejo Nacional Electoral
En agosto del 2014 el CNE eliminó definitivamente del registro electoral al PRE, Prian, MPD y Ruptura, por no haber cumplido con los requisitos establecidos en el Código de la Democracia, en las elecciones de 2013 y 2014, para mantener su personería jurídica.
En mayo del 2014 el CNE no aceptó el pedido de consulta popular del colectivo Yasunidos, tras el proceso de verificación de firmas el organismo determinó que no se cumplieron los requisitos numéricos.
Entre los momentos polémicos previos a las elecciones generales de 2013, estuvo el anuncio del CNE de que no invitaría a los organismos tradicionales, como la OEA, para la veeduría del proceso electoral, acción que fue retractada.
En julio del 2012 la autoridad electoral tuvo que enfrentar el escándalo de las firmas presuntamente falsificadas por las organizaciones políticas, durante el proceso de inscripción en el registro electoral. El CNE tuvo que pasar por tres periodos de verificación para poder proclamar 12 partidos y movimientos como calificados para participar en las elecciones generales del 2013.
En mayo de 2011, el CNE de Transición enfrentó problemas por inconsistencias en las actas de los resultados de la consulta popular propuesta por el Ejecutivo. También hubo críticas por la falta de control en el gasto en campaña que tuvo el Gobierno.