No obstante haber transcurrido más de 200 años desde el nacimiento de Juan José Flores y haberse investigado todas las facetas de su vida, todavía se advierten contra él apasionadas voces que intentan denigrarle, como si aún viviera, repitiendo las mismas falaces acusaciones, refutadas de inmediato, inventadas por sus enemigos al compás del odioso aforismo de Voltaire: ‘¡Calumnia, calumnia que algo queda!’. Extraño e injusto sino ha gravitado sobre Flores: nacido en Venezuela, los venezolanos le olvidaron por creerle más propio de Ecuador como su primer presidente y solo ahora reconocen su valor y trascendencia. Aquí le consideraron extranjero, aunque según nuestra Constitución inicial, como combatiente por la independencia fue considerado ecuatoriano por nacimiento. Venezolanos y ecuatorianos se han abstenido de defender su memoria, denostada por los sectores oligárquicos colombianos y sus seguidores, olvidando que fue lugarteniente amado de Bolívar, gonfaloniero de la independencia americana y uno de los visionarios profetas de su progreso y destino.
El general Obando -en el juicio que, antes de ser presidente de Colombia, se le siguió acusándole por el asesinato de Sucre y en el que Morillo confesó que él le ordenó matar al Gran Mariscal-, trató, sin prueba alguna, de involucrar a Flores en ese horrendo magnicidio. Asimismo son infundios acríticamente repetidos, sin ninguna sustentación, las acusaciones a Flores por el asesinato de los de ‘El Quiteño Libre’ y el intento de reconquistar América para España,
Flores merece la gratitud general y no solo la del Ecuador. Se jugó la vida en 85 combates libertarios, inclusive Carabobo y Bomboná. Organizó por orden del Libertador el ejército que venció en Tarqui a La Mar, Presidente del Perú, que hollaba el territorio de la antigua Real Audiencia de Quito. Por contraste, en el campo mismo de combate, cuando apenas tenía 28 años, Flores fue ascendido por Sucre a General. Dispuesto a liberar Cuba, Santo Domingo y Puerto Rico, no se le autorizó la expedición a Filipinas. Mantuvo la lealtad a Bolívar cuando los demás le denostaban, al iniciarse la disolución de la Gran Colombia. Instauró la República del Ecuador, patrocinó su primera Constituyente en Riobamba; inspiró normas fundamentales, algunas aún vigentes; defendió el recién creado Estado de derecho, al derrotar continuas insurrecciones, inclusive en la batalla de Miñarica que inspiró épica en Olmedo; y, aunque no logró la integración del Cauca que pertenecía a la Real Audiencia de Quito, incorporó Galápagos. Posibilitó el gobierno de Rocafuerte, quien fundó, a su pedido, el Colegio San Vicente, cuando fue su gobernador en el Guayas; consolidó la unidad nacional con la toma de Guayaquil en 1860; apoyó a García Moreno, presidió la primera de sus constituyentes y preconizó la construcción del ferrocarril Guayaquil-Quito, que don Gabriel comenzó y Alfaro concluyó.