A principios del 1896, don Eloy Alfaro era Jefe Supremo del Ecuador. Una de sus primeras decisiones había sido la convocatoria a una Asamblea Constituyente, que debía poner las bases jurídicas de la transformación liberal. Contradiciendo una tradición establecida, Alfaro determinó que la sede de la Convención sería Guayaquil, como un homenaje a la ciudad del pronunciamiento del 5 de junio, y también por cálculo político.
La revuelta conservadora en la Sierra no había podido ser controlada del todo. Era preferible tener la reunión en el puerto principal. Guayaquil de finales del siglo XIX era ya por años la ciudad más grande del país y su capital económica. En tres décadas había quintuplicado su población. En 1899 tenía
60 483 habitantes, el 44% de los cuales eran inmigrantes de otros lugares de la Costa, la Sierra y el exterior. Por el puerto pasaba el 90% de las importaciones y el 80% de las exportaciones del Ecuador. Los viajeros que la visitaron describen el rápido crecimiento, la riqueza de la ciudad y las notables innovaciones modernas de que disponía: tranvías, telégrafo, alumbrado público de gas, teléfonos. Pero no se había eliminado la fiebre amarilla que castigaba sobre todo a los visitantes, y el peligro de incendio, que más bien aumentó con el crecimiento.
Dentro de las tres últimas décadas del siglo XIX se había consolidado una nueva generación de casas exportadoras e importadoras. Se habían creado los bancos más grandes del país, como el Banco del Ecuador y el flamante Banco Comercial y Agrícola. La reunión de la Constituyente en Guayaquil era el símbolo del triunfo de la burguesía y de su predominio regional, proyectado a la esfera nacional.
Las elecciones se realizaron en mayo de 1896. La influencia gubernamental hizo triunfar a los candidatos liberales. A principios de octubre, la mayoría de los diputados estaba ya en Guayaquil. Además de la política, los diputados tenían la preocupación causada por el terremoto que asoló a Manabí el mismo mes de mayo.
Tarde de la noche el 5 de octubre la ciudad se despertó aterrorizada. Había estallado un incendio. Frente a la impotencia de bomberos y comedidos que intentaban apagarlas, las llamas fueron abrasando manzana tras manzana. Cuando amaneció, el incendio estaba en su mayor furia. Acabó con iglesias, cuarteles, escuelas, residencias señoriales y barriadas populares.
El fuego duró 48 horas. Cuando amaneció el 7, como ochenta manzanas se habían destruido. 1 500 casas, la mitad de la ciudad, eran ruinas humeantes. 25 000 personas quedaron sin techo. Era una verdadera catástrofe. La cifra oficial de pérdidas fue de 18 055 612 sucres, pero quizá se perdió más del triple. Y solo una parte (quizá un 30%) estaba asegurado. Se trataba de mercaderías y propiedades de los ricos. Los pobres perdieron todo.