La Federación Ecuatoriana de Fútbol elaboró el sistema de campeonato para 2010 y que será aprobado por el Congreso de Fútbol, la primera semana de enero. El torneo tendrá 46 fechas y se jugará en dos etapas con la modalidad todos contra todos.
La propuesta, presentada por la Asociación de Fútbol No Amateur de Pichincha (AFNA), tuvo la aceptación de todos los dirigentes de los 12 clubes que intervendrán en el torneo. Se jugará desde el domingo 7 de febrero hasta el domingo 12 de diciembre.
El equipo que se ubique primero en la primera etapa disputará la final del campeonato con el ganador de la segunda fase. La final del campeonato se disputará en partidos de ida y vuelta.
Los dos cuadros que sumen la menor cantidad de puntos en las dos primeras fases del torneo descenderán a la serie B.
Además, en lugar del partido preliminar entre los clubes Sub 20, se jugará el campeonato de reserva. En ese torneo los clubes tiene la obligación de alinear a cuatro jugadores Sub 19 los 90 minutos y cuatro Sub 21 el tiempo que el técnico crea conveniente.
La serie B se dividirá también en dos etapas, con un total de 44 partidos. Los dos equipos que sumen más puntos en la tabla acumulada clasificarán a la serie A.