Ingentes recursos ha inyectado el Fisco a Petroecuador desde el 2007 con resultados modestos a nivel de producción y refinación de crudo en los últimos cuatro años.
El presupuesto anual de la empresa estatal promedió los USD 4 000 millones. Es decir, más del doble de lo que, entre el 2000 y el 2006, el Fisco programó invertir dentro de la misma empresa.
En contraste, la producción creció apenas entre el 01% al 6%. Desde el inicio del gobierno del presidente Rafael Correa se buscó una reestructuración en Petroecuador a nivel jerárquico y de personal.
Por ello, en noviembre del 2007, bajo una declaratoria de emergencia, la Armada entró a administrar la empresa.
Sin embargo, tres presidentes navales no fueron suficientes para completar el rediseño de la empresa.
Entre el 2007 y el 2009, período de la administración naval, se contrató a la consultora Wood Mackenzei, trabajo en base del cual la institución dejó de tener tres filiales autónomas (Petroproducción, Petrocomercial y Petroindustrial), para pasar a convertirse en subgerencias que hoy están bajo la sola dirección del titular de Petroecuador.
El cambio trajo como consecuencia el despido de más de 700 personas, hasta los últimos meses del 2009.
El remezón no se detuvo con la salida de la Marina en el primer trimestre del año siguiente. Para finales del 2010, el gerente, Manuel Zapater, extendió el pedido de visto bueno para 628 trabajadores, de los cuales cerca de 500 fueron separados por tener un supuesto conflicto de intereses al estar vinculados con la empresa Gaspetsa, que tenía un contrato con Petroecuador.
En ese mismo año, el nuevo ministro de Recursos No Renovables, Wilson Pástor, buscó la contratación de la consultora Delloite para que se fusione Petroecuador con Petroamazonas en un holding.
La producción se recuperó ligeramente y entre los principales proyectos se negocia al momento con siete compañías internacionales la implementación de proyectos de recuperación mejorada para evitar la declinación de los campos.