El exceso de sedimento en la cuenca baja del río Jubones es una de las causas para los desbordamientos durante el invierno. La cuenca del afluente tiene un área de 5 350 km² y su cauce recorre 154 km.
En su recorrido, atraviesa extensas plantaciones de los cantones Pasaje, El Guabo y Machala.
El prefecto orense, Montgómery Sánchez, dijo que los sedimentos obstruyen el paso de las aguas del río al mar. Afecta a otros ríos y esteros navegables. Entre ellos están el río Pital y el estero Jelí, en el cantón Santa Rosa.
También, los esteros que comunican con los puertos artesanales Hualtaco y Pitahaya, en los cantones Huaquillas y Arenillas.
Los cultivos y caseríos ubicados en las márgenes del río Jubones se inundan cuando el afluente se desborda. El año pasado, en La Palestina, La Iberia y Bocatoma, en el cantón Guabo, la crecida del río cubrió plantaciones de banano y de cacao.
Mario Vera, pequeño productor de banano de La Palestina, dijo que el río ingresa por los drenajes construidos, precisamente, para evacuar las aguas.
Aunque tiene proyectos para dragar los afluentes más problemáticos, la Prefectura no dispone de la maquinaria. Por ello, el prefecto Sánchez pidió a la secretaria nacional de Gestión de Riesgos, María del Pilar Cornejo, la dotación de dragas. Lo hizo en una reunión con los alcaldes de la provincia, el martes pasado.
La sedimentación de los esteros causa otro problema. En marea baja, el material acumulado dificulta el paso de las embarcaciones. Ese inconveniente es muy común en el estero Jambelí, que conduce a la isla balneario del mismo nombre.
Maquinarias de empresas constructoras privadas extraen constantemente material del lecho del río Jubones, aprovechando el fácil acceso. Esa tarea solo se hace en las orillas.
La extinta Corporación de Desarrollo de El Oro, en 2006, sugirió el dragado de, mínimo, 7 km del río Jubones.